拡張パック第２弾「ポケモンジャングル」／第３弾「化石の秘密」／第４弾「ロケット団」

ジム拡張第１弾「リーダーズスタジアム」／第２弾「闇からの挑戦」

ポケモンジム第１弾「ニビシティジム　タケシ」「ハナダシティジム　カスミ」／第２弾「クチバシティジム　マチス」「タマムシシティジム　エリカ」／第３弾「グレンタウンジム　カツラ」「ヤマブキシティジム　ナツメ」

映画公開記念パック「サザンアイランド」

ギフトパック／ロケット団 ギフトパック／拡張シート第１弾 （青版）／拡張シート第２弾 （赤版）／拡張シート第３弾 （緑版）／「サザンアイランド」映画公開記念セット／イントロパック／クイックスターター ギフト

拡張パック第１弾「金、銀、新世界へ...」／第２弾「遺跡を越えて...」／第３弾「めざめる伝説」／第４弾「闇、そして光へ...」

スターターパック

プレミアムファイル２／プレミアムファイル３／イントロパック★neo

第1弾「リーダーズポケモン」草雷ハーフデッキ／第1弾「リーダーズポケモン」水炎ハーフデッキ／第1弾「リーダーズポケモン」闘超ハーフデッキ

※ポケモンセンターオンラインでのみ買うことができた。
ゲームボーイカラーソフト「ポケモンカードGB2 GR団参上！」に登場するカードがメインに入 っている。

拡張パック「伝説の飛翔」「蒼空の激突」「ロケット団の逆襲」「金の空、銀の海」「まぼろしの森」「ホロンの研究塔」「ホロンの幻影(かげ)」「きせきの結晶」「さいはての攻防」

構築済みスターター「デオキシスデッキ」「レックウザデッキ」「メガニウムex★草」「バクフーンex★炎」「オーダイルex★水」「まぼろしのミュウ」「大地のグラードンex」「大海のカイオーガex」
構築済みデッキ「ロケット団ハーフデッキW -black-」「ロケット団ハーフデッキW -silver-」「封印!サーナイトex」「雷震!バンギラスex」

映画公開記念VSパック「-裂空のデオキシス-」「-波導のルカリオ-」「蒼海(うみ)のマナフィ」
ギフトボックス「エメラルドver.」「ミュウ・ルカリオver.」
クイック・コンストラクション・パック「タイプユニット：草」「タイプユニット：炎」「タイプユニット：水」「タイプユニット：雷」「タイプユニット：超」「タイプユニット：闘」
ホロンの研究塔ハーフデッキ１／２「炎EX」「水EX」「雷EX」
マスターキット／ワールドチャンピオンズパック

拡張パック「時空の創造 ダイヤモンドコレクション」「時空の創造 パールコレクション」「湖の秘密」「ひかる闇」「夜明けの疾走」「月光の追跡」「怒りの神殿」「秘境の叫び」「破空の激闘」

ランダム構築スターター スタンダードデッキ
構築ハーフデッキ「攻めのラムパルド」「守りのトリデプス」
構築スタンダードデッキ「ディアルガLV.X」「パルキアLV.X」
対戦スターターパック「ブーバーンVSエレキブル」「ヒードランVSレジギガス」「ギラティナVSディアルガ」

エントリーパック‘08／エントリーパック’08DX／ディアルガスペシャルボックス／パルキアスペシャルボックス／映画10周年記念 プレミアムシート／映画公開記念 プレミアムシート2008

拡張パック「ブラックコレクション」「ホワイトコレクション」「レッドコレクション」「サイコドライブ」「ヘイルブリザード」「ダークラッシュ」「リューズブラスト」「リューノブレード」「フリーズボルト」「コールドフレア」「プラズマゲイル」｢ラセンフォース」「ライデンナックル」「メガロキャノン」
コンセプトパック「ドラゴンセレクション」「シャイニーコレクション」「EXバトルブースト」

はじめてセット／はじめてセット forガール／はじめてセットDX／はじめてセットDX forガール／はじめてセット+（プラス）／はじめてセットDX ピカチュウver.／はじめてセット 全国図鑑版
バトル強化デッキ「テラキオン」「コバルオン」「ビリジオン」
バトル強化デッキ60「レシラムEX」「ゼクロムEX」
「ホワイトキュレムEX」「ブラックキュレムEX」
最強爆流コンボデッキ60「カメックス+キュレムEX」／サザンドラデッキ30／ガブリアスデッキ30／バトル強化デッキ30「ケルディオ」／プラズマ団パワードデッキ30

バトルテーマデッキ ビクティニ／ポケモンセンター15周年　カードプレミアムセット／30枚デッキ対戦set「ミュウツーVSゲノセクト」／バトルギフトセット「ボルトロスVSトルネロス」／トッププレイヤーが選ぶ100+40枚　マスターデッキビルドBOX EX／みんなのWAKUWAKUバトル／プラズマ団バトルギフトセット

拡張パック「コレクションX」「コレクションY」「ワイルドブレイズ」「ライジングフィスト」「ファントムゲート」「ガイアボルケーノ」「タイダルストーム」「エメラルドブレイク」「バンデットリング」
コンセプトパック「マグマ団VSアクア団　ダブルクライシス」「伝説キラコレクション」

はじめてセットDX／はじめてセットDX forガール
ゼルネアスデッキ30／イベルタルデッキ30
メガバトルデッキ60「メガリザードンEX」
ハイパーメタルチェーンデッキ60「ディアルガEX+ギルガルドEX」
メガバトルデッキ60「メガレックウザEX」
対戦スタートセット30「エンブオーEX VS トゲキッスEX」

スーパーレジェンドセット60「ゼルネアスEX・イベルタルEX」
ポケットモンスター オメガルビー・ポケットモンスター アルファサファイア 発売記念 ポケモンカードゲームXY　「スペシャルパック　メガディアンシーEX」
「スペシャルパック 銀のメガメタグロスEX」
映画公開記念<劇場・ポケモンセンター限定>　「フーパのおでまし～！アルバムセット」
「メガマスターデッキビルドBOX パワースタイル」
「メガマスターデッキビルドBOX スピードスタイル」

拡張パック「青い衝撃」「赤い閃光」「破天の怒り」「めざめる超王」「爆熱の闘士」「冷酷の反逆者」
コンセプトパック「ポケキュンコレクション」「幻・伝説ドリームキラコレクション」
プレミアムチャンピオンパック「EX（イーエックス）×M（メガ）×BREAK（ブレイク）」

BREAKコンボデッキ60「ゴルダックBREAK+パルキアEX」
パーフェクトバトルデッキ60「ジガルデEX」／メガバトルデッキ60「メガタブンネEX」

ダブルメガBREAKセット　「メガプテラEX+メガクチートEX+レントラーBREAK」 バトル強化セット 草/闘
バトル強化セット 炎/雷
バトル強化セット 水/超
「ポケットモンスターカードゲーム スターターパック」
スペシャルパック「ジガルデ スペシャルセット」
スペシャルジャンボカードパック「ボルケニオンEX」